\chapter*{引言}
Cytoscape~项目致力于为用户提供一个开源的网络显示和分析软件。软件的核心部分提供了网络显示、布局、查询等方面的基本功能。软件的核心可以通过插件架构进行扩展，这样就能快速地开发出新的功能。

Cytoscape源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表
达数据和其他的分子状态信息整合在一起。虽然Cytoscape也能适用于
其他分子构件和相互作用，但其最强大的功能还是用于大规模蛋白质-
蛋白质相互作用、蛋白质-DNA和遗传交互作用的分析。各种物种，包括
人类，的这方面的实验数据都在迅速增加。通过Cytoscape，用户可以在可视化
的环境下将这些生物网络跟基因表达、基因型等各种分子状态信息整合
在一起，还能将这些网络跟功能注释数据库链接在一起。

Cytoscape~的核心是网络（图），其中的节点（~node~）是基因、蛋白质或分子，其中的连接则是这些生物结构之间的相互作用。

\section{开发}

Cytoscape~是~Institute for Systems Biology~（~Leroy Hood~实验室）、加州大学圣地亚哥分校（~Trey Ideker~实验室）、~Memorial Sloan-Kettering~癌症研究中心（~Chris Sander~实验室）、Pasteur研究院（Benno Schwikowski实验室）、安捷伦科技（Annette Adler实验室）和加州大学旧金山分校（Bruce Conklin实验室）的合作项目。

详情请访问http://www.cytoscape.org。

\section{授权}
Cytoscape~受~GNU LGPL~（~Lesser General Public License~）~的保护。在本手册的附录中能找到该授权，同时可以访问~http://www.gnu.org/copyleft/lesser.txt~。~Cytoscape~还是用了其他的一些开源程序库，详情见本手册的致谢。

\section{2.6版本的更新}
Cytoscape 2.6~中增加了很多新功能，在性能和软件的易用性上也有提升。包括：
\begin{itemize}
\item Web Service Client Manager框架能将Web服务客户端集成到Cytoscape中。
\item 通过Web服务客户端插件，可以从PathwayCommons、IntAct和NCBI Entrez Gene下载网络数据。
\item 通过Web服务插件，可以从BioMart导入注释信息。这主要是用于ID的翻译和名称映射。
\item Cytoscape主题。
Dynamic filters.
\item 动态过滤器。
Network Manager supports multiple network selection.
\item 网络管理器支持多网络选取。
Label Positioning has been improved.
\item 改进了标签的位置。
Session saving occurs in memory.
\item 将会话保存在内存中。
XGMML Improvements.
\item 改进了XGMML。
Network loading improvements.
\item 网络加载得到了改进。
\item Linkout integrated with attribute browser.
\item 通过可视化属性，引入了更多的Visual Style。
\item 修复了不计其数的bug。
\end{itemize}
